Usaha Kesehatan Sekolah (UKS) MIS AL Fajar Pringsewu merupakan salah satu layanan pendukung pendidikan yang bertujuan untuk meningkatkan derajat kesehatan peserta didik agar mampu mengikuti proses pembelajaran secara optimal. UKS berperan penting dalam membentuk perilaku hidup bersih dan sehat (PHBS) sejak dini di lingkungan madrasah. Program UKS di MIS AL Fajar Pringsewu dilaksanakan melalui Trias UKS , yaitu pendidikan kesehatan, pelayanan kesehatan, dan pelatihan lingkungan sekolah sehat . Pendidikan kesehatan diberikan melalui kegiatan pembelajaran, pembiasaan harian, serta sosialisasi tentang kebersihan diri, pola hidup sehat, gizi seimbang, dan pencegahan penyakit. Pelayanan kesehatan meliputi pertolongan pertama pada siswa yang sakit atau mengalami cedera ringan , pemantauan kesehatan peserta didik, serta kerja sama dengan puskesmas atau tenaga kesehatan setempat untuk kegiatan pemeriksaan kesehatan berkala. Selain itu, UKS MIS AL Fajar Pringsewu juga berperan dalam menciptakan lingkungan madrasah yang bersih, aman, dan nyaman , melalui kegiatan kebersihan kelas, pengelolaan sanitasi, serta pembiasaan hidup sehat seperti cuci tangan, menjaga kebersihan lingkungan, dan menjaga kesehatan diri. Dengan adanya UKS, MIS AL Fajar Pringsewu berkomitmen untuk membentuk peserta didik yang sehat jasmani dan rohani, berdisiplin, mandiri, serta memiliki kesadaran akan pentingnya menjaga kesehatan sebagai bagian dari penerapan nilai-nilai Islami dalam kehidupan sehari-hari.